當重要的培育污染時，研究者或許企圖消除或操控污染。首要，確認污染物是細菌、真菌、支原體或酵母，把污染細胞與其它細胞系隔離開，用試驗室消毒劑消毒培育器皿和超凈臺，查看HEPA過濾器。
高濃度的抗生素和抗霉菌素或許對一些細胞系有毒性，因而，做劑量反應試驗確認抗生素和抗霉菌素發生毒性的劑量水平。這點在運用抗生素如兩性霉素B和抗霉菌素如泰樂菌素時特別重要。下面是引薦的確認毒性水平緩消除培育污染的試驗過程。
1 .在無抗生素的培育基中消化、計數和稀釋細胞，稀釋到常規細胞傳代的濃度。
2 . 渙散細胞懸液到多孔培育板中，或幾個小培育瓶中。在一個濃度梯度范圍內，把挑選抗生素加入到每一個孔中。例如，兩性霉素B引薦下列濃度，0.25，0.50，1.0，2.0，4.0,8.0 mg/ml。
3 .每天觀測細胞毒性目標，如脫落，出現空泡，匯合度下降和變圓。
4 . 確認抗生素毒性水平后，運用低于毒性濃度2－3倍濃度的抗生素的培育液培育細胞2－3代。
5 . 在無抗生素的培育基中培育細胞一代。
6 .重復過程4。
7 . 在無抗生素的培育基中培育4－6代，確認污染是否以已被消除。
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