蛋白質(zhì)的分離純化在生物化學(xué)研究應(yīng)用中使用廣泛，是一項重要的操作技術(shù)。 一個典型的真核細(xì)胞可以包含數(shù)以千計的不同蛋白質(zhì)，一些含量十分豐富，一些僅含有幾個拷貝。為了研究某一個蛋白質(zhì)，必須首先將該蛋白質(zhì)從其他蛋白質(zhì)和非蛋白質(zhì)分子中純化出來。
一、主要方法
1. 蛋白質(zhì)的選擇吸附分離（利用顆粒不同程度的顆粒吸附力來使分離的目的達(dá)到）。
2. 按照配體特性的分離-親和層析（利用蛋白質(zhì)分子與另一種稱為配體的分子能夠特異結(jié)合這一生物性質(zhì)）
3. 低溫有機(jī)溶劑沉淀法，使用如甲醇，乙醇等與水可混溶的有機(jī)溶劑，降低多數(shù)蛋白質(zhì)的溶解度并且將其析出，和鹽析相比較，這種方法的分辨率更加的高，然而蛋白質(zhì)比較容易變形，需要在低溫下進(jìn)行。
4. 按照分子大小不一樣的方法，密度梯度離心（在介質(zhì)中對蛋白質(zhì)離心時，蛋白質(zhì)沉降速度取決于它的質(zhì)量和密度，質(zhì)量和密度越大，那么沉降越快；凝膠過濾（一種柱層析）；超過濾（利用蛋白質(zhì)分子不能從半透膜通過的性質(zhì)）。
5. 按照溶解度差異分離，等電點(diǎn)沉淀法鹽溶與鹽析（使用一定濃度鹽溶液來使蛋白質(zhì)的溶解度增大或減小）；（因為在等電點(diǎn)時蛋白質(zhì)分子的凈電荷為0，使分子間靜電斥力減少了，所以，聚集沉淀比較容易，這時具有小的溶解度）。
6. 按照電荷不同的分離方法。主要分為離子交換層析和電泳分離。
二、注意事項
1.為了避免蛋白質(zhì)變性，不要對樣品劇烈攪動和反復(fù)凍融。
2.緩沖溶液成分盡量模擬細(xì)胞內(nèi)環(huán)。。
3.為了避免蛋白質(zhì)的氧化，將0.1~1mmol/LDTT（二硫蘇糖醇）(或β-巰基乙醇）加入到緩沖溶液中。
4.為了避免重金屬對目標(biāo)蛋白的破壞，將1~10mmol/LEDTA金屬螯合劑加入。
5.為了避免微生物生長，使用滅菌溶液。在純化任何一種蛋白質(zhì)的時候，均必須時刻對它的穩(wěn)定性注意維護(hù)，使它的活性得到保護(hù)，需要牢記如下一些通用的注意事項。
6.盡可能置于冰上或者在冷庫內(nèi)進(jìn)行操作。
7.蛋白濃度不要太稀。
8.除非是進(jìn)行聚焦層。否則pH需要合適，防止所使用的緩沖溶液pH與pI相同，使蛋白質(zhì)的沉淀得以避免。
9.使用蛋白酶抑制劑，避免蛋白酶對目標(biāo)蛋白的降解；在純化細(xì)胞中的蛋白質(zhì)時，將DNA酶加入來使得DNA降解，避免DNA對蛋白的污染。
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